蛋白组学针对的是全体蛋白，主要以2D-Gel和质谱为主，分为top-down和bottom-up分析方法。研究理念和基因组类似，将蛋白用特定的化学手段分解成小肽段，在通过质量反推蛋白序列，而后进行搜索，标识已知未知的蛋白序列。

所以目前很多研究都开始使用交叉验证方法，无论如何，都需要对数据进行分析，有经验的分析往往能化腐朽为神奇。